据澳媒披露，澳中两国大学之间的合作办学机构达到了150家，一些机构涉及潜艇和网络战项目等国防领域，有的合作学院公然设有党委会，学习习近平思想。而澳洲大学则淡化合作风险，令澳洲智库专家“深感不安”。
据《澳洲人报》证实，其中一些澳洲大学的中方合作伙伴，如山东大学、中国海洋大学和东南大学，与中共的军事研究有着密切、甚至高度敏感的联系。
海德学院是阿德莱德大学与中国海洋大学的合作学院，海德学院的网页显示，它服务于中共的“国家战略”，并设有一个中共党委会，负责宣传中共的政策。
澳洲战略政策研究所（ASPI）称，中国海洋大学与中共军方在海洋科技研究方面开展合作，其中包括与中共海军潜艇学院合作开展的项目。
中国海洋大学在海德学院所在的青岛崂山校区举办过中共解放军征兵活动和军事训练，并在其网站上展示了持枪的解放军士兵。
阿德莱德大学淡化了人们对其与中国海洋大学关系的担忧，称“阿德莱德大学支持澳洲政府的国家安全议程，在进行任何国际活动之前优先考虑外国合规义务。”
著名中国问题专家、作家克莱夫·汉密尔顿教授（Clive Hamilton）表示，澳洲大学称在与这些中国大学合作时“坚持学术自由”，但“实际上他们愿意对学术自由做出相当灵活的解释——总是朝着中共的方向倾斜”。“金钱会说话，而且它会说普通话。”
西塔学院（Westa College）是塔斯马尼亚大学、西澳大学和中国西南大学重庆分校的合作学院，西塔学院现任院长赵玉芳是全国人民代表大会代表。
西塔学院的网站显示，今年5月该学院举办了一次深入学习 “习近平社会主义思想”的活动，而且该校有自己的党委会。
塔斯马尼亚大学称，该校与外国大学的所有合作都经过了“仔细的潜在风险评估，包括外国干涉的风险”。而西澳大学表示，“该大学遵守所有与国家安全相关的立法”。
莫纳什大学与中国苏州东南大学（SEU）合作成立了联合研究生院，ASPI将东南大学列为“高风险”学校，因为该校“国防研究水平高”，而且与网络间谍攻击有关联，并与一家培训、招募解放军网络官员的公司关系密切。
山东大学澳国立联合理学院（SDU-ANU JOINT SCIENCE COLLEGE）是澳洲国立大学和山东大学的合作学校，总部位于威海，据ASPI称，山东大学受中共国家国防科工局监管，负责核武器、军备和其他国防工业。该校拥有三个中共国防实验室，其中一个被指控为解放军进行网络攻击。
但莫纳什大学和澳洲国立大学的发言人均轻描淡写地表示，在（政府协定的）指导方针内适当、一致地管理外国干扰风险。与合作伙伴经历关系时经过了全面的尽职调查流程，并定期进行监控和评估。
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