李国能表示，文件提到由行政长官指定若干法官审理国安案件，以及中央机构行使管辖权的两点，会损害香港的司法独立。李国能指出，草案至今仍未公布实属不幸，但值得留意《说明》表示会跟随香港的法律原则，包括无罪假设，亦没有建议法例有追溯力。
李国能在声明就港区国安法立法对香港司法机构的两点影响评论，第一是法工委文件中提及由特首指定法官审理国安法案件，他认为这一做法损害司法独立。
李国能解释指，按照《基本法》，特首根据独立委员会（司法人员推荐委员会）建议，委任法官；挑选法官是基于其司法、专业能力，法官独立行使司法权力，不受任何干预。司法机构则独立于行政机关，负责决定由哪一位法官审理案件，不受行政机关干预。
李国能认为，行政长官不具备法官的经验、专业能力，去指定法官，而且行政长官身兼日后的“维护国家安全委员会”主席，不宜指定法官。他表示，即使不接受上述观点，日后的安排起码应该是，“行政长官挑选这些法官时，必须依据首席法官或司法人员推荐委员会的建议，这能确保选人是基于专业和独立的基础”。
此外，李国能还提到，人大法工委的《说明》提及在特定情形下，驻港国家安全公署和国家有关机关，或对“极少数”危害国家安全犯罪案件行使管辖权，他强调这引起极大的关注。他认为，行使管辖权时，有关案件会在内地处理及审理，“被告不能享有我们司法程序的保障。虽然这个管辖权只会在最例外的情况下行使，这仍会破坏香港法院在《基本法》授权行使的独立司法权力”。
李国能在声明中提到草案条文至今仍未公布，实属不幸。他续指，但值得注意是，人大法工委的《说明》文件，表示会跟随香港的法律原则，包括无罪假设；《说明》文件没有建议法例具追溯力。
据悉，全国人大会议6月初通过制定港区国安法的决定草案时，李国能曾撰文回应，指特区政府就《基本法》23条立法无期，认为人大为香港立国安法是“可以理解及合理的”。但他表示，实际立法内容必须与普通法原则一致，他提出7项建议，“包括法例不具追溯力、罪行定义必须合理确切、在港公开公正审讯、调查权力须受香港法律规管、搜查处所及监听电话须获得司法授权”。对于当时有建议禁止外国护照法官处理国安相关案件，李国能回应指，“这项建议有损基本法保障的司法独立原则”。
港府律政司司长郑若骅22日曾向媒体表示，《基本法》规定行政长官有法官任命权，行政长官指定若干法官负责处理危害国家安全犯罪案件的做法，不会影响司法独立。
对此，香港大律师公会副主席叶巧琦23日在接受香港电台采访时表示，根据《基本法》规定，特首根据独立委员会推荐委任法官，从来没有权指定法官或者法官清单，根据《窃听条例》相关规定，特首亦是根据首席法官的推荐委任法官。她亦称，日后特首作为维护国家安全委员会主席，一方面要维护司法独立，另一方面受中央监督和问责，如果有权指定法官，明显是角色冲突。
叶巧琦介绍指，目前香港各级法庭主要领导，一般根据法官专长和经验委派法官审案，有关工作并非由特首负责。她同意，来自李国能的建议，在条例加入规定，要求特首根据司法人员推荐委员会的推荐来委任法官。她解释，只有每个香港法院的最高法官有权指派不同法官审案，“为何特首有权指定哪个法官？这是行政干预司法独立”。她重申，特首在国安案件中属控方，由特首指定法官有角色冲突。她强调，香港一直坚持司法独立，法官保持公平及公正的形象，“被特首选中的法官会否被质疑有特定（政治）倾向；没被选中的法官则有另一取态？”
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