李國能表示，文件提到由行政長官指定若干法官審理國安案件，以及中央機構行使管轄權的兩點，會損害香港的司法獨立。李國能指出，草案至今仍未公布實屬不幸，但值得留意《說明》表示會跟隨香港的法律原則，包括無罪假設，亦沒有建議法例有追溯力。
李國能在聲明就港區國安法立法對香港司法機構的兩點影響評論，第一是法工委文件中提及由特首指定法官審理國安法案件，他認為這一做法損害司法獨立。
李國能解釋指，按照《基本法》，特首根據獨立委員會（司法人員推薦委員會）建議，委任法官；挑選法官是基於其司法、專業能力，法官獨立行使司法權力，不受任何干預。司法機構則獨立於行政機關，負責決定由哪一位法官審理案件，不受行政機關干預。
李國能認為，行政長官不具備法官的經驗、專業能力，去指定法官，而且行政長官身兼日後的「維護國家安全委員會」主席，不宜指定法官。他表示，即使不接受上述觀點，日後的安排起碼應該是，「行政長官挑選這些法官時，必須依據首席法官或司法人員推薦委員會的建議，這能確保選人是基於專業和獨立的基礎」。
此外，李國能還提到，人大法工委的《說明》提及在特定情形下，駐港國家安全公署和國家有關機關，或對「極少數」危害國家安全犯罪案件行使管轄權，他強調這引起極大的關注。他認為，行使管轄權時，有關案件會在內地處理及審理，「被告不能享有我們司法程序的保障。雖然這個管轄權只會在最例外的情況下行使，這仍會破壞香港法院在《基本法》授權行使的獨立司法權力」。
李國能在聲明中提到草案條文至今仍未公布，實屬不幸。他續指，但值得注意是，人大法工委的《說明》文件，表示會跟隨香港的法律原則，包括無罪假設；《說明》文件沒有建議法例具追溯力。
據悉，全國人大會議6月初通過制定港區國安法的決定草案時，李國能曾撰文回應，指特區政府就《基本法》23條立法無期，認為人大為香港立國安法是「可以理解及合理的」。但他表示，實際立法內容必須與普通法原則一致，他提出7項建議，「包括法例不具追溯力、罪行定義必須合理確切、在港公開公正審訊、調查權力須受香港法律規管、搜查處所及監聽電話須獲得司法授權」。對於當時有建議禁止外國護照法官處理國安相關案件，李國能回應指，「這項建議有損基本法保障的司法獨立原則」。
港府律政司司長鄭若驊22日曾向媒體表示，《基本法》規定行政長官有法官任命權，行政長官指定若干法官負責處理危害國家安全犯罪案件的做法，不會影響司法獨立。
對此，香港大律師公會副主席葉巧琦23日在接受香港電台採訪時表示，根據《基本法》規定，特首根據獨立委員會推薦委任法官，從來沒有權指定法官或者法官清單，根據《竊聽條例》相關規定，特首亦是根據首席法官的推薦委任法官。她亦稱，日後特首作為維護國家安全委員會主席，一方面要維護司法獨立，另一方面受中央監督和問責，如果有權指定法官，明顯是角色衝突。
葉巧琦介紹指，目前香港各級法庭主要領導，一般根據法官專長和經驗委派法官審案，有關工作並非由特首負責。她同意，來自李國能的建議，在條例加入規定，要求特首根據司法人員推薦委員會的推薦來委任法官。她解釋，只有每個香港法院的最高法官有權指派不同法官審案，「為何特首有權指定哪個法官？這是行政干預司法獨立」。她重申，特首在國安案件中屬控方，由特首指定法官有角色衝突。她強調，香港一直堅持司法獨立，法官保持公平及公正的形象，「被特首選中的法官會否被質疑有特定（政治）傾向；沒被選中的法官則有另一取態？」
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