首架武汉台湾人返台专机在2月3日返台，当时因登机名单没有保障弱势、登机检疫粗糙、机上出现武汉肺炎确诊者等，导致第二架包机出发时间一直敲不定。台湾卫生防疫部门10日表示，经过两岸协调达成共识，10日启动第二批武汉专机返台，当晚接近凌晨时分，华航包机抵达台湾桃园机场，接回169人。
据中央社报道，第一班华航专机原订在晚间7时45分抵达桃园机场，但登机时有18人拒绝配合检疫、11人消失，造成登机延误。加上晚间8点55分发生一名女乘客体温过高，一家三口被请下飞机，还有一人出现类似情况，最后机上剩169乘客，延后至晚间9点43分才起飞，晚间11时37分抵达桃园机场。
中央流行疫情指挥中心本次派出4名医师及9名护理人员随机到武汉检疫，包括小儿科、妇产科医师，其中10人跟第一班华航飞机回来，3人跟第二班东航飞机回来。
指挥官陈时中稍早在记者会中强调，武汉肺炎病毒采检阴性、无发烧者才能登机。 乘客在下机后则比照“横滨模式”，依序进行消毒及发烧筛检等防疫检查，若出现武汉肺炎疑似症状，将由救护车以一人搭乘一台为原则后送就医，无症状者会由专车接送，离开机棚前往集中检疫场进行为期14天的安置隔离。
陈时中表示，目前台湾的检疫量能提高，检疫所的整备数量也变多，有将近1500个位置可接纳更多人，第二梯次接回的滞留大陆台湾人将分置在3个检疫所，后续包机作业会量力而为。
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