首架武漢台灣人返台專機在2月3日返台，當時因登機名單沒有保障弱勢、登機檢疫粗糙、機上出現武漢肺炎確診者等，導致第二架包機出發時間一直敲不定。台灣衛生防疫部門10日表示，經過兩岸協調達成共識，10日啟動第二批武漢專機返台，當晚接近凌晨時分，華航包機抵達台灣桃園機場，接回169人。
據中央社報道，第一班華航專機原訂在晚間7時45分抵達桃園機場，但登機時有18人拒絕配合檢疫、11人消失，造成登機延誤。加上晚間8點55分發生一名女乘客體溫過高，一家三口被請下飛機，還有一人出現類似情況，最後機上剩169乘客，延後至晚間9點43分才起飛，晚間11時37分抵達桃園機場。
中央流行疫情指揮中心本次派出4名醫師及9名護理人員隨機到武漢檢疫，包括小兒科、婦產科醫師，其中10人跟第一班華航飛機回來，3人跟第二班東航飛機回來。
指揮官陳時中稍早在記者會中強調，武漢肺炎病毒采檢陰性、無發燒者才能登機。 乘客在下機後則比照「橫濱模式」，依序進行消毒及發燒篩檢等防疫檢查，若出現武漢肺炎疑似症狀，將由救護車以一人搭乘一台為原則後送就醫，無症狀者會由專車接送，離開機棚前往集中檢疫場進行為期14天的安置隔離。
陳時中表示，目前台灣的檢疫量能提高，檢疫所的整備數量也變多，有將近1500個位置可接納更多人，第二梯次接回的滯留大陸台灣人將分置在3個檢疫所，後續包機作業會量力而為。
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