當前伊朗伊斯蘭共和國與以色列國之間無正式外交關係，但歷史上，波斯民族與猶太民族之間有着非常密切的關係，伊朗帝國曾經是穆斯林世界中第二個承認以色列的國家，僅次於土耳其。然而伊朗伊斯蘭革命後，兩國成為敵對國家。
走出「巴比倫囚徒」
以色列的猶太民族和伊朗的波斯民族都是中東地區的古老民族，兩個民族的交往可以追溯到2500年前。
公元前11世紀猶太人在中東黎凡特地區建立了以色列王國。
公元前626年，起源於伊拉克的迦勒底人建立了新巴比倫帝國。
公元前586年，新巴比倫王國國王尼布甲尼撒二世率軍攻克猶太王國都城耶路撒冷，所羅門聖殿（即第一聖殿）慘遭焚毀，猶太人被押往巴比倫為奴，史稱「巴比倫之囚」。
波斯人在公元前2000年進入了今天伊朗的境內。公元前550年波斯部族首領居魯士建立了波斯帝國，公元前538年波斯帝國攻占了巴比倫城，新巴比倫王國滅亡。
居魯士當即頒旨，釋放「巴比倫之囚」，允許他們回歸故土。
於是，猶太人重返聖地耶路撒冷，並重建了聖殿（即第二聖殿）。猶太人為了感恩居魯士對他們的解救，將居魯士尊稱為「救世主」。這一歷史磨難也促進了猶太教的形成。
猶太人再次流離失所
公元前330年，波斯帝國（阿契美尼德王朝）被亞歷山大大帝所滅。而復國後的猶太人也歷經了亞歷山大大帝的入侵、托勒密王朝的管轄和塞琉古帝國的統治。
公元前65年，巴勒斯坦地區被羅馬帝國占領，基督教占據了統治地位，猶太人遭到虐殺與驅趕，在波斯人宣布背棄猶太人後，失去最後支持者的猶太人開始大規模地離開故土過上流亡生涯，直到二十世紀的以色列建國。
在伊朗支持下的以色列復國
穆罕默德-禮薩沙·巴列維是伊朗最後一位國王，1941年繼位。作為一個世俗主義的穆斯林，巴列維堅持推行現代化和世俗化的政策，一直與傳統的穆斯林群體發生衝突。
1947年，聯合國巴勒斯坦問題特別調查委員會（UNSCOP）成立，伊朗成為其11個成員國之一。委員會中有8個成員國支持巴勒斯坦分治計劃，而伊朗、印度、南斯拉夫則表示反對。
1947年11月聯合國大會以33國贊成，13國反對（包括伊朗），10國棄權，表決通過了巴勒斯坦分割方案。
1948年5月14日，英國停止對巴勒斯坦的託管，當天以色列宣布建國，但是次日阿拉伯國家即組成聯軍入侵以色列。
在整個戰爭過程中，伊朗對以色列抱有一定程度的同情，但同時也表示不願介入阿以衝突。
以伊建立友好關係
1948年以色列建國後，伊朗給予以色列國「事實上的承認」，成為繼土耳其之後，穆斯林世界中第二個承認以色列的國家。
以色列還利用伊朗作為一個中轉站，把伊拉克的猶太人送往以色列。
但以伊兩國建立正式外交關係的努力卻受到了來自阿拉伯國家和伊朗國內宗教保守勢力的強烈反對。
在一些阿拉伯國家的挑動下，伊朗摩薩台政府與英國關係惡化，軟禁了國王巴列維，關閉了駐以使館，並斷絕與以色列外交關係，以此作為報復美國和英國。
1953年，美英發動政變推翻了伊朗的摩薩台政府。國王巴列維獲得自由。之後，伊朗政府與以色列的關係進入了蜜月期。
與此同時，伊朗與阿拉伯國家的關係也不斷惡化，伊朗國內的穆斯林宗教勢力也開始抬頭。
由於伊以兩國政府同時面臨安全問題和共同的利益，這一時期以色列與伊朗關係密切，政治、經濟、軍事等領域相互支持。
雙方人員互訪頻繁，以色列領導人本-古里安、梅厄夫人、貝京、達揚、佩雷斯和拉賓等都曾到訪問過伊朗。以色列航空開闢了特拉維夫和德黑蘭之間的直航業務，也增進了兩國人民的交往。
從1959年起的二十年中，以色列80%至90%的原油來自伊朗，第三次中東戰爭後，以色列從伊朗進口的石油不僅可以滿足本國需求，而且還出口西歐。
作為利益交換，以色列也幫助伊朗發展農業技術並向伊朗出口武器裝備。
在軍事上，以色列幫助伊朗建立和訓練特務機構「薩瓦克」，並進行軍事和情報合作。以色列甚至提議與伊朗聯合研究核武器計劃，但遭到伊朗國王巴列維的拒絕。
在以色列與阿拉伯國家的戰爭中，伊朗巴列維政府表面上保持中立，私底下卻偷偷幫助以色列。
霍梅尼結束流亡 奪下伊朗控制權
由於巴列維國王試圖進行西方式的改革開放，觸及了宗教勢力的既得利益，遭到了霍梅尼為首的宗教保守勢力強烈反對。
此後，霍梅尼領導伊朗國內宗教勢力開展了一系列反國王和反世俗集會，並將矛頭同時指向了與伊朗國王當局間關係甚密的美國和以色列。
1979年1月，伊朗發生伊斯蘭革命，親美的巴列維國王被迫流亡國外，而宗教領袖霍梅尼則結束長達15年的流亡生活，由巴黎回到德黑蘭，他廢除了君主制度，宣布建立了政教合一的伊斯蘭共和國。並採取反猶太主義政策，切斷了與以色列的一切官方聯繫，對以色列實施制裁。
霍梅尼公開宣稱，以色列是「伊斯蘭教的敵人」，是「耶路撒冷的非法占領者」。美國是「大撒旦」。
同年2月18日，伊以正式斷交，伊朗當局關閉了以色列駐德黑蘭大使館，並將其移交給了巴勒斯坦解放組織。
同年10月，伊朗流亡國王巴列維前往美國治病，德黑蘭穆斯林群眾憤而占領美國使館，扣留使館人員，史稱「伊朗人質危機」，自此美國與伊朗斷交。
以色列不忘舊情暗中幫助伊朗
1980年9月，伊朗與伊拉克爆發戰爭，伊朗暫時放過了以色列，這讓以色列有了喘息的機會。但以色列並不希望伊朗失敗，因為相比於伊朗，如果伊拉克一旦獲得兩伊戰爭的勝利，必將極大地鼓舞阿拉伯民族主義，對以色列構成更大的威脅。
兩伊戰爭爆發後，以色列國防部長公開力促美國摒棄前嫌，對伊朗提供援助，並宣稱，以色列願向伊朗提供援助以換取伊朗對以立場的改變。
在以色列的遊說下，美國默許了以色列的要求，以色列除了通過第三方渠道直接向伊朗提供武器，還派遣了至少一百名顧問和工程師駐紮在德黑蘭北部的秘密營區。
根據特拉維夫大學傑夫戰略研究所估計，兩伊戰爭期間，伊朗大約有80%的武器購自以色列，以色列對伊軍售總額大約有5億美元，大多數是以伊朗石油的方式支付給以色列。
甚至直到1987年，以色列總理拉賓依然堅稱：「伊朗是我們最好的朋友，我們不打算改變我們的立場」。
儘管以色列為伊朗提供了大量武器，但霍梅尼在公開場合不承認，稱：「關於伊以武器交易的說法是『猶太復國主義的謊言』」。
伊朗消滅以色列的願望不變
兩伊戰爭和海灣戰爭相繼結束，使得阿拉伯世界發生分裂，伊拉克國力大傷，加之蘇東劇變，使得伊以利益的共同點減少，兩國由秘密合作走上公開對抗。
1989年6月3日霍梅尼病逝，總統哈梅內伊接任伊朗最高領袖。
而歷任伊朗伊斯蘭共和國政府依然堅持對以色列不予承認的原則。
1993年9月，巴以簽訂《奧斯陸協議》，伊朗總統拉夫桑賈尼指責「巴解組織犯下了賣國罪」，造成了伊斯蘭世界的分裂，並呼籲伊斯蘭組織對以色列發動聖戰。
1998年5月3日，哈梅內伊在德黑蘭會見哈馬斯領導人亞辛時表示，伊朗將繼續支持哈馬斯的反以鬥爭，並稱以色列是殖民勢力在中東地區留下的惡性腫瘤。
2005年，伊朗強硬派總統艾哈邁迪內賈德上台後，推行更為強硬的對以政策。
2012年8月17日，內賈德公開稱，以色列是—顆即將被消滅的「毒瘤」。
去年哈馬斯襲擊以色列後，也門胡塞叛軍出面支持哈馬斯，輿論普遍認為伊朗為哈馬斯及也門胡塞叛軍提供了軍援。
今年的4月1日，以色列軍機以導彈摧毀了伊朗駐敘利亞大馬士革領事館，空襲造成 7 名革命衛隊成員死亡，其中包括在伊朗境外開展 行動的聖城部隊的兩名將軍。伊朗當局發誓將對此進行報復。
4月13日（星期六）晚上，伊朗軍方突然對以色列發動了史無前例的襲擊， 300多個無人機和導彈分別從伊朗本土及其代理人（伊朗的盟友黎巴嫩真主黨和也門胡塞叛軍）飛向以色列境內的重要空軍基地，但據報道其中 99% 在以色列領空外就被擊落。
各國對此表示擔憂，呼籲雙方克制，以避免這場發生在中東的戰爭空前升級。
伊朗武裝部隊參謀總長巴格瑞表示「伊朗的行動達到了預期的目的」，「伊朗無意繼續這次行動，」但他警告以色列避免採取進一步對抗伊朗的行動，否則招致的回應恐「更加嚴厲」。
據一些專家分析表示，傳統上，以色列對任何對其領土發動的攻擊「零容忍」，因此，兩個互相懷有深仇大恨的敵國絕不會就此打住，以色列內塔尼亞胡「不能不採取行動」。
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