為了遏制病毒的傳播，澳洲各州和領地紛紛實行邊界限制規定。有專家表示，全澳分發疫苗才能提供足夠的群體免疫，從而減弱公共衛生應對措施，州界限制規定至少將持續六個月之久
據時代報1月13日報道，墨爾本大學流行病學家Tony Blakely表示，更易傳播的變種病毒和阿斯利康疫苗出現的新問題，可能會導致澳洲各地正常旅行和商業恢復的時間進一步被推遲。他還說，要等到年中才能夠有足夠的澳洲人接種疫苗，澳洲才會開始獲得部分群體免疫，讓一切狀況平靜下來，所需時間甚至可能更長。
報道稱，邊界限制規定給商業和出行者帶來了持續的挫折和不確定性。悉尼大學憲法學專家Anne Twomey表示，雖然聯邦可以立法控制包括州界在內的所有防疫措施，但疫情危機暴露了聯邦政府權力的局限性。
總理莫里森已經表示，將放棄2020年未能成功的遊說活動，即說服各州採用聯邦對疫情熱點地區的定義，從而使政策更加一致。莫里森支持各州保持一致性，但他也多次表示各州有權自行做出公共衛生決策。
周二（1月12日）在被問及全澳疫情熱點地區的定義時，聯邦衛生部長Greg Hunt也與莫里森口徑一致。他回應稱，「我們希望所有人自由定義，但如果其他人選擇不一樣的做法，我們會表示尊重。」
墨爾本大學教授Cheryl Saunders是憲法和公法領域的專家。她說，目前尚不清楚是否有政府（州或聯邦政府）控制澳洲國內邊界。這一流行病沒有暴露出聯邦體制的弱點，反而顯示出我們各級政府的工作「令人驚訝的出色」。
目前，每個州和領地都對其他轄區的疫情做出了自己的應對方案。維州實行交通信號燈系統（ 『traffic-light』 permit system），並將全澳各地分為疫情紅區、橙區或綠區；西澳則根據自己的標準來界定極低、低和中風險地區；塔州則採用了國家對疫情熱點區的；而目前新州則沒有任何邊界限制。
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